TOEICの申し込み方法は「インターネット申込」「コンビニ端末申込」の2つです。順番に説明します。(※申込書による申し込みは、第178回TOEIC公開テスト（2013年3月17日）をもちまして終了したようです。)
インターネットで申し込み
公式サイトでID登録（無料）をして、申し込む方法です。インターネット申込のメリットとしては「リピート受験割引」「認定証の到着前にネットでスコアの確認が可能」等があります。
何回も受験する予定の場合は、この方式がおすすめです。私もこの申込方式を利用しています。詳しは公式サイトのインターネット申し込みを御覧ください。
コンビニで申し込み
セブンイレブン、ローソン、ファミリーマートにある端末で申し込む方法です。詳しくは、コンビニ端末申込をご覧ください。
特に何もなければ、インターネット申込が一番便利だと思います
上述したとおり、私自身インターネット申し込みを利用しています。リピート割引や事前のスコア確認等、メリットもあります。特にどれでも良いと思っているのなら、インターネット申込で良いのでは無いかと思います。